Berättelsen börjar med två tvillingsyskon som driver ett litet kafé tillsammans med sin mamma. Allt var lugnt och fridfullt tills en morgon då tvillingarna upptäcker att mamman fallit in i en djup sömn som hon inte verkar vakna upp ifrån. Plötsligt dyker en gammal trollkarl upp som berättar för tvillingarna att deras mamma är svårt sjuk och om de vill kunna rädda henne måste de ta hand om och föda upp en drake.
De båda tvillingarna får hjälp av tre knasiga personer ur personalen (servitören, servitrisen och kocken). Tillsammans måste de hjälpas åt att föda upp draken, sköta caféet och samtidigt ta reda på vad det är som orsakat mammans sjukdom så att de kan hitta ett botemedel.
Little Dragons Café är Harvest Moon-skaparen Yashiro Wadas senaste spel.
Nintendo Co., Ltd., Kyoto, Japan, är ett världsledande företag inom interaktiv underhållning, och ligger bakom ett antal ikoniska varumärken såsom Mario™, Donkey Kong™, The Legend of Zelda™, Metroid™, Pokémon™, Animal Crossing™, Pikmin™ och Splatoon™.